Peynir, kökenleri insanlık kadar eskiye dayanan bir yiyecektir. Ne kadar eskite dayandığına dair kesin bilgi olmasa da, olası çıkış noktaları Orta Asya, Orta Doğu ya da Avrupa olarak tahmin edilmektedir. Yaygınlaşmasının Roma İmparatorluğu zamanlarında olduğu düşünülür.
İlk üretimi için önerilen tarih M.Ö. 8. bin yıl (koyunun evcilleştirildiği tarih) ile 9. bin yıla kadar değişir. İlk peynirin Orta Doğu insanları ve Orta Asya göçebe Türkleri tarafından yapıldığı düşünülmektedir. O zamanlar yiyecekleri saklayıcı özelliği nedeniyle hayvanın derisi ya da iç organları kullanılmaktaydı. Bu iç organlardan olan işkembe'de saklanan sütün buradaki enzimlerle mayalanması üzerine lor haline gelmesi peynirin ilk oluşumu hakkındaki teorilerden biridir. Buna benzer bir hikayenin, bir tüccar Arap'ın peynir saklaması hakkında da farklı söylenişleri vardır.